目錄
理論篇
第1章 全功能體：解析生物多樣性的形成和維持的一個(gè)新視角 3
1.1 全功能體和全基因組概念 3
1.2 共生微生物群落影響全功能體的適合度 5
1.3 全功能體的遺傳變異與進(jìn)化 5
1.4 小結(jié) 7
第2章 譜系（親緣）地理學(xué) 9
2.1 譜系（親緣）地理學(xué)研究中常用的分子標(biāo)記 10
2.2 譜系（親緣）地理學(xué)的概念模型 10
2.3 譜系（親緣）地理學(xué)的分析方法 12
2.4 譜系地理式樣 14
2.5 小結(jié) 15
第3章 物種形成機(jī)制與協(xié)同進(jìn)化 17
3.1 物種的概念 17
3.2 物種形成的理論模型 21
3.3 生殖隔離機(jī)制與物種形成 23
3.4 種間關(guān)系與協(xié)同進(jìn)化 29
第4章 區(qū)域群落生態(tài)學(xué)理論 32
4.1 群落生態(tài)學(xué)發(fā)展簡(jiǎn)史 32
4.2 生態(tài)位理論和中性理論 34
4.3 區(qū)域群落生態(tài)學(xué) 36
4.4 小結(jié) 41
技術(shù)與方法篇
第5章 系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué) 45
5.1 預(yù)測(cè)直系同源基因 45
5.2 多序列比對(duì) 49
5.3 基因樹 52
5.4 物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系推導(dǎo) 53
5.5 系統(tǒng)發(fā)育網(wǎng)絡(luò)推斷 60
5.6 建樹誤差來(lái)源 68
第6章 種群歷史動(dòng)態(tài)推斷 71
6.1 種群歷史動(dòng)態(tài)推斷的簡(jiǎn)要發(fā)展歷史 71
6.2 種群歷史動(dòng)態(tài)推斷方法的主要類別 72
6.3 應(yīng)用 81
第7章 實(shí)驗(yàn)進(jìn)化方法 85
7.1 實(shí)驗(yàn)進(jìn)化的研究對(duì)象 86
7.2 微生物實(shí)驗(yàn)進(jìn)化 88
7.3 實(shí)驗(yàn)進(jìn)化的局限性及其新發(fā)展 97
第8章 環(huán)境DNA在生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能監(jiān)測(cè)研究中的應(yīng)用 99
8.1 環(huán)境DNA分析技術(shù)流程 101
8.2 環(huán)境DNA分析技術(shù)在生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能研究方面的應(yīng)用 106
8.3 小結(jié) 112
應(yīng)用與成果篇
第9章 東北虎豹長(zhǎng)期定位監(jiān)測(cè)及競(jìng)爭(zhēng)與共存機(jī)制研究 115
9.1 前言 115
9.2 東北虎豹生物多樣性長(zhǎng)期定位監(jiān)測(cè)體系 117
9.3 鳥獸物種多樣性監(jiān)測(cè)結(jié)果 120
9.4 東北虎豹共存與瀕危機(jī)制研究 124
9.5 小結(jié) 126
第10章 土壤細(xì)菌群落的組裝 128
10.1 關(guān)于微生物群落組裝的一般性認(rèn)知 128
10.2 觀察微生物多樣性模式 130
10.3 實(shí)驗(yàn)檢驗(yàn)擴(kuò)散限制的重要性 130
10.4 實(shí)驗(yàn)推測(cè)漂變和選擇的重要性 134
10.5 小結(jié) 137
第11章 進(jìn)化速率假說(shuō)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證 138
11.1 溫度影響進(jìn)化速率的生理學(xué)和生態(tài)學(xué)機(jī)制 138
11.2 溫度對(duì)突變速率的影響 141
11.3 溫度對(duì)選擇作用的影響 142
11.4 溫度對(duì)適應(yīng)分化的影響 146
11.5 小結(jié) 148
第12章 中國(guó)北方森林中部分闊葉樹種的歷史生物地理學(xué)和雜交進(jìn)化歷史 149
12.1 核桃屬物種的歷史生物地理學(xué)研究 149
12.2 核桃屬物種的雜交進(jìn)化歷史 152
12.3 基因流對(duì)核桃屬和櫟屬物種的進(jìn)化歷史的影響 155
參考文獻(xiàn) 158